La directive-cadre européenne sur l'eau fixe un objectif de bon état des masses d'eau, évalué sur des critères chimiques et écologiques.
Rejets domestiques et industriels, pollutions diffuses d'origine agricole, altérations physiques des cours d'eau par les barrages et les rectifications, et prélèvements excessifs en période sèche.
La composition des populations d'invertébrés, de poissons et de diatomées renseigne sur la qualité d'un cours d'eau mieux qu'une analyse ponctuelle : elle intègre l'historique des pollutions sur plusieurs mois.
Effacement d'ouvrages, reméandrage, restauration de zones humides et de ripisylves. Ces travaux améliorent à la fois la qualité de l'eau, la biodiversité et l'écrêtement des crues.